Prabowo Resmi Bentuk Badan Penyelenggara Haji, Ini Tiga Tokoh yang Akan Urus Soal Ibadah ke Tanah Suci

Ia lalu menempuh Sarjana Pendidikan Sosial di IKIP Malang pada 1982.

Setelah itu, Muhadjir melanjutkan pendidikan magisternya di Universitas Gadjah Mada (UGM) Yogyakarta dan kemudian memperoleh pendidikan Doktor Ilmu-ilmu Sosial dari Universitas Airlangga Surabaya.

Muhadjir memiliki pengalaman di bidang jurnalistik.

Awal kiprah Muhadjir dimulai saat menjadi reporter lepas di salah satu Koran Komunikasi IKIP Malang (sekarang Majalah Komunikasi Universitas Negeri Malang).

Dari sana, Muhadjir berlanjut sebagai redaktur pelaksana hingga menjadi ketua redaksi di tahun 1990-an.

Muhadjir juga tercatat pernah menjadi wartawan Mingguan Mahasiswa Surabaya (1978), redaksi surat kabar Mimbar Universitas Brawijaya (1978-1980), wartawan di Warta Mahasiswa (1978-1982), wartawan di Semesta, Surabaya (1979-1980), serta menjadi pendiri dan redaksi surat kabar Bestari Universitas Muhammadiyah Malang (1986). 

Karir jurnalistiknya kemudian dilanjutkannya dengan menjadi Dewan Penasehat Persatuan Wartawan Indonesia (PWI) Malang Raya selama dua periode yakni 2008-2011 dan 2011-2014.

Selain itu, Muhadjir juga dikenal aktif dalam bidang pendidikan pengajaran serta keagamaan.

Muhadjir juga tercatat pernah menjadi Ketua Umum Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) cabang Malang (1980), Wakil Ketua Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur (2005-2010), hingga menjadi Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah pada periode 2015-2020.

Muhadjir juga pernah menjabat sebagai Pembantu Rektor III Universitas Muhammadiyah Malang (1984-1996), Pembantu Rektor I Universitas Muhammadiyah Malang (1996-2000), dan Rektor Universitas Muhammadiyah Malang selama tiga periode (2000-2004; 2004-2008; dan 2008-2016).